马德里商标注册的流程与国内商标注册的流程有较大的区别。马德里商标注册根据相关马德里协定或议定书，必须在国内取得受理通知书或者注册证，否则就无法提交马德里注册申请。因此，国内商标的申请或注册时马德里注册的前提条件，否则就只能通过单一国家进行国际商标注册。

1、国内商标注册申请
由于在进行马德里国际注册时，如指定国家为马德里纯协定书成员国，则要求在原属国（中国）必须取得注册证书或初步公告；如指定国家为马德里议定书或既是协定又是议定成员国，则要求在原属国（中国）只须取得受理通知书。
因此，要通过马德里进行商标的国际注册，申请人的商标必须是已经在其原属国（即本国）获得注册的商标或则已获得受理通知的商标。

2、马德里国际申请
商标代理委托书、国际注册申请书、外文国际注册申请书、国内商标注册证复印件或受理通知书复印件、商标图样。
商标国际注册的申请日期，以商标局收到申请书件的日期为准。申请手续齐备并按照规定填写申请书件的，编定申请号，商标局在三十天内将申请书件（英文或法文）寄国际局。

3、国际局审查
世界知识产权组织（WIPO）国际局收到了国际注册申请后，核实文书，认为手续齐备，商品和服务类别及名称填写正确的，即予以注册；认为手续不齐备的，将暂缓注册，并通知商标局。商标局在收到国际局通知之日起15天内通知申请人或代理人齐备手续；经审查符合国际局的要求，并在已经或者即将把该申请提交给各指定国进行审查之后会颁发商标国际注册证明，时间一般6个月左右。
该国际商标注册证明，不是商标被核准注册的证明；其意义在于，该国际注册号和国际注册日是其后申请人进行商标的后期指定、变更、转让、续展等一系列活动的基础。

4、后期指定
商标国际注册申请时指定的各保护国家，将根据各自的国家法律决定是否予以保护，并需向国际局声明该驳回。协定书规定，声明驳回的时限最多为一年，也就是说，如果指定保护申请在一年时限内未遭到驳回，则该申请自动得到保护（按议定书的规定，成员国可根据需要，将有权驳回时限延长至18个月）。从国际注册日起算，如果12个月内没有收到协定国或者18个月内没有收到议定书国发来的拒绝给予商标保护的驳回通知书，即表示该商标已在该协定国或议定国自动得到了保护。